O intervalo de 15 minutos para café, podem ser descontados do funcionário?

Sobre a possibilidade de desconto dos intervalos, temos o seguinte:

Qualquer que seja o período de intervalo intrajornada de trabalho, não integra a contagem da jornada de trabalho diária (CLT art. 71 §2º).

Quando a jornada de trabalho for superior a 4 horas e até 6 horas, o empregado terá direito a um intervalo de 15 minutos para repouso ou alimentação. Caso a jornada supere 6 horas este intervalo será de, no mínimo, 1 hora e, salvo acordo escrito ou contrato coletivo em contrário, não poderá ultrapassar 2 horas. Tais intervalos são previstos na legislação e não serão considerados na contagem da jornada de trabalho dos empregados.

Caso o empregador, por liberalidade, conceda qualquer outro intervalo, este não poderá ser deduzido da jornada de trabalho do empregado. Assim, se a empresa conceder aos seus empregados 15 minutos pela manhã e à tarde para café ou lanche não poderá descontar estes intervalos da jornada de trabalho, os 15 minutos concedidos pelo empregador pela manhã e à tarde serão considerados como de efetivo trabalho.

Assim, podemos utilizar a relação conforme tabela abaixo:

Fontes: IOB e Site Professor Trabalhista